Ein weiterer Feind ist der Waldkauz, der durch die Rufe des Rauhfußkauzes angelockt wird und ihn während der Balz leicht schlagen kann. Es sollte daher äußerst vorsichtig mit der Klangattrappe gearbeitet werden und bei Reaktion des Waldkauzes sofort abgeschaltet werden.
Auch sollten in Brutrevieren von Rauhfußkauz und Sperlingskauz keine Nistkästen für Waldkäuze installiert werden.
Durch das Fällen von Altholzbeständen, insbesondere der Höhlenbäume werden die natürlichen Brutplätze beseitigt.

Nachdem fest stand, dass der Rauhfußkauz aus eigener Kraft Schleswig-Holstein erobert hatte, startete der Landesverband Eulen-Schutz in SH e.V.  mit Unterstützung des Landes SH ein Monitoring und Artenschutzprogramm, dass bis heute fortgeführt wird.

So konnte die weitere Besiedlung nordwärts gut dokumentiert werden.

Das Diagramm zeigt die Entwicklung des Bestandes ab 2001. Nachdem ab 2003/2004 besetzte Höhlen und Nistkästen systematisch mit Marderschutz versehen wurden, entwickelte sich die Population positiv und hatte inzwischen die Wälder nördlich des Nord-Ostsee-Kanals erreicht. Seit 2013 ist die Population wieder rückläufig. Gründe dafür sind nicht hinreichend erforscht. Sowohl die Entwicklung der Mauspopulation, durch z.B. Einsatz von schweren Holzvollerntern und die damit verbundene Bodenverdichtung, als auch der nötige Umbau der Wälder mit klimaresistenteren Sorten werden gelegentlich als mögliche Gründe vorgetragen.